Ma’had Aly Al Fithrah merupakan pendidikan tertinggi di Pondok Pesantren Assalafi Al Fithrah yang berbasiskan Tasawuf dan Thariqah. Ma’had Aly Al Fithrah berdiri sejak tahun 2007. Dari tahun 2007-2010, Ma’had Aly Al Fithrah masih berstatus non formal, ijazah lulusan Ma’had Aly Al Fithrah yang diberikan kepada mahasantri masih bersumber dari internal sendiri, tanpa adanya pengesahan dari Kementrian Agama. Pada tahun 2011, terdorong oleh keinginan untuk memberikan ijazah formal sesuai harapan masyarakat, maka lembaga Ma’had Aly Al Fithrah bekerjasama dengan lembaga STAI Al Fithrah, tepatnya prodi Akhlak dan Tasawuf, mengingat Pondok Pesantren Assalafi Al Fithrah berbasiskan Tasawuf dan Tariqah. Oleh karena itu, komposisi kurikulum yang disajikan kepada mahasantri adalah komparasi antara kurikulum prodi Akhlak dan Tasawuf dan kurikulum lokal Pesantren. Hal ini dilakukan, di samping untuk memberikan ijazah formal, juga guna mempertahankan dan mengembangkan khazanah-khazanah keilmuan di dunia pesantren, khususnya dibidang Tasawuf dan Tarekat.
Pada tahun 2015, Kemenatrian Agama telah mengesahkan Formalisasi Ma’had Aly, sebagai lanjutan pendidikan diniyah formal (PDF) sederajat MTs dan MA, yang izin oprasionalnya akan diberikan kepada beberapa Pesantren di Indonesia ini, termasuk Pondok Pesantren Assalafi Al Fithrah Surabaya. Ini menjadi kebanggaan dan kebahagian tersendiri, karena, di samping ijazah formal -sebagaimana diharapkan sebelumnya- akan terwujud, juga akan menjadikan Ma’had Aly Al Fithrah bisa mandiri, khususnya bisa mengoptimalkan sajian kurikulum secara mandiri pula sesuai konsentrasi yang diusulkan. Prodi Ma’had Aly Al Fithrah yang diusulkan adalah konsentrasi Tasawuf dan Tariqah, berdasarkan background Pondok Pesantren Assalafi Al Fithrah. Pada akhirnya, Surat Keterangan formalisasi Ma’had Aly Al Fithrah turun di tahun 2017.
Ma’had Aly Al Fithrah dengan konsentrasi prodi tersebut, bukan berarti mengesampingkan pengetahuan shari’ah. Muatan kurikulumnya juga akan mengeksploitasi pelajaran tentang shari’ah sebagai tahapan menuju pengetahuan Tasawuf dan Tariqah, walaupun porsinya lebih sedikit, sehingga Ma’had Aly Al Fithrah diharapkan sebagaia pengejawentahan dari tiga pondasi Agama, yaitu Islam, Iman dan Ihsan.